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| 番号 | 神社名 | 祭神名 | 旧社格 | 例祭日 | 郵便番号 | 鎮座地 |
| 1 | 諏訪神社 | 諏訪大神 | 国幣中社 | 10月8日 | 850-0006 | 長崎市上西山町18番地15号 |
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| 2 | 大崎神社 | 仁徳天皇・保食大神 | 村社 | 11月3日 | 850-0901 | 長崎市本石灰町6番17号 |
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| 3 | 飯盛神社 | 大日己貴命外5柱 | 無格社 | 10月23日 | 850-0012 | 長崎市本河内町406番地 |
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| 4 | 左近神社 | 保食大神 | 無格社 | 850-0001 | 長崎市西山町2丁目15番36号 | |
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| 5 | 長崎大神宮 | 天照皇大神外4柱 | 無格社 | 10月17日 | 850-0875 | 長崎市栄町6番12号 |
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| 6 | 長崎縣護國神社 | 國家公共につくした人の神靈 | 10月22日 | 852-8034 | 長崎市城栄町41番67号 | |
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| 7 | 八幡神社 | 品陀和氣命外2柱 | 村社 | 9月15日 | 850-0013 | 長崎市中川町40番地 |
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| 8 | 伊都岐島神社 | 市杵島姫命外4柱 | 無格社 | 11月10日 | 850-0932 | 長崎市東琴平1丁目16番１号 |
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| 9 | 住江神社 | 保食大神 | 村社 | 11月8日 | 850-0908 | 長崎市十人町13番10号 |
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| 10 | 戸町神社 | 保食大神 | 村社 | 10月19日 | 850-0952 | 長崎市戸町2丁目38番地 |
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| 11 | 三浦神社 | 八幡大神・猿田彦大神・大山祇大神 | 9月15日 | 850-0953 | 長崎市上戸町75番地 | |
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| 12 | 大山祇神社 | 大山祇大神 | 無格社 | 11月3日 | 850-0961 | 長崎市小ｹ倉町2丁目21番地 |
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| 13 | 天満神社 | 菅原道眞公 | 村社 | 10月25日 | 850-0015 | 長崎市桜馬場1丁目4番18号 |
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| 14 | 梅ケ崎神社 | 菅原道真公 | 村社 | 9月25日 | 850-0837 | 長崎市西小島町1丁目1番2号 |
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| 15 | 神崎神社 | 神功皇后外6柱 | 村社 | 4月15日 | 850-0076 | 長崎市木鉢町14番地 |
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| 16 | 淵神社 | 市杵島姫命外2柱 | 県社 | 10月21日 | 852-8012 | 長崎市淵町8番1号 |
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| 17 | 立岩神社 | 立岩大神 | 無格社 | 10月13日 | 852-8021 | 長崎市城山町2丁目373番地 |
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| 18 | 烏岩神社 | 保食大神 | 無格社 | 10月23日 | 852-8006 | 長崎市平戸小屋町49番地 |
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| 19 | 稲荷神社 | 保食大神 | 無格社 | 10月19日 | 850-0061 | 長崎市水之浦町105番地 |
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| 20 | 伊勢宮神社 | 天照大御神 | 無格社 | 10月15日 | 850-0063 | 長崎市飽之浦町4丁目16番地 |
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| 21 | 八幡神社 | 應神天皇 | 無格社 | 10月15日 | 850-0072 | 長崎市岩瀬道町104番地 |
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| 22 | 櫻谷神社 | 天照大御神 | 無格社 | 11月3日 | 850-0000 | 長崎市立神町189番地 |
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| 23 | 天満神社 | 菅原道眞公 | 無格社 | 10月25日 | 850-0075 | 長崎市西泊町45番地 |
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| 24 | 木鉢神社 | 事代主大神 | 無格社 | 10月17日 | 850-0076 | 長崎市木鉢町557番地 |
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| 25 | 池神社 | 息長帶姫命 | 無格社 | 8月23日 | 850-0078 | 長崎市神之島町207番地 |
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| 26 | 大山祇神社 | 大山祇命 | 無格社 | 11月3日 | 850-0994 | 長崎市竿浦町1006番地 |
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| 27 | 深堀神社 | 猿田彦命・天鈿賣命 | 郷社 | 10月17日 | 851-0301 | 長崎市深堀町5丁目181番地 |
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| 28 | 八坂神社 | 素盞雄命 | 無格社 | 旧6月15日 | 851-0301 | 長崎市深堀町2丁目194番地 |
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| 29 | 新田神社 | 新田義興 | 無格社 | 10月23日 | 851-0302 | 長崎市大篭町1036番地 |
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| 30 | 海童神社 | 海童神 | 無格社 | 旧6月15日 | 851-0301 | 長崎市深堀町2丁目193番地 |
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| 31 | 天満神社 | 菅原道眞公外2柱 | 村社 | 10月25日 | 850-0068 | 長崎市福田本町1211番地 |
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| 32 | 鹿島神社 | 建御雷之男命 | 無格社 | 10月19日 | 851-1133 | 長崎市小江町2443番地 |
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| 33 | 愛宕神社 | 火産靈命 | 無格社 | 10月24日 | 851-1132 | 長崎市小江原町1丁目30番1号 |
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| 34 | 白髭神社 | 猿田彦命 | 無格社 | 10月19日 | 851-1134 | 長崎市柿泊町1028番地 |
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| 35 | 事代主神社 | 事代主命 | 無格社 | 10月20日 | 850-0067 | 長崎市小浦町976番地ノｲ |
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| 36 | 事代主神社 | 事代主命 | 無格社 | 10月20日 | 850-0068 | 長崎市福田本町1793番地 |
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| 37 | 諏訪神社 | 建御名方命 | 無格社 | 10月9日 | 851-1125 | 長崎市園田町2533番地 |
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| 38 | 淡島神社 | 少彦名命 | 無格社 | 10月11日 | 851-1136 | 長崎市向町313番地 |
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| 39 | 乙宮神社 | 健速須佐之男命 | 郷社 | 10月29日 | 851-1136 | 長崎市向町316番地 |
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| 40 | 天満神社 | 菅原道眞公 | 村社 | 10月25日 | 851-0123 | 長崎市網場町1番地1 |
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| 41 | 大山神社 | 大山神 | 11月9日 | 851-0125 | 長崎市潮見町693番地2 | |
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| 42 | 河内神社 | 河内大神 | 11月15日 | 851-0126 | 長崎市芒塚町15番地の2 | |
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| 43 | 八坂神社 | 素盞嗚神外4柱 | 村社 | 旧6月15日 | 851-0121 | 長崎市宿町610番地 |
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| 44 | 裳着神社 | 帶中日子命外7柱 | 村社 | 10月19日 | 851-0241 | 長崎市茂木町字辻232番地 |
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| 45 | 稲荷神社 | 倉稲魂命 | 無格社 | 3月9日 | 851-0241 | 長崎市茂木町949番地 |
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| 46 | 大山祇神社 | 大山祇命 | 無格社 | 11月17日 | 851-0241 | 長崎市茂木町1399番地 |
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| 47 | 伊都藝島神社 | 市寸島比賣命 | 無格社 | 9月7日 | 851-0241 | 長崎市茂木町75番地4 |
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| 48 | 日吉神社 | 大山咋神 | 無格社 | 9月19日 | 851-0254 | 長崎市飯香浦町字東ﾄｦﾒｷ3546番地 |
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| 49 | 甑岩神社 | 日本武尊 | 無格社 | 10月13日 | 851-0254 | 長崎市飯香浦町3807番地ｲ |
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| 50 | 稲荷神社 | 倉稲魂命 | 無格社 | 10月13日 | 851-0251 | 長崎市田上1丁目6番7号 |
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| 51 | 加茂神社 | 別雷神 | 無格社 | 10月15日 | 851-0244 | 長崎市大崎町570･571番地合併 |
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| 52 | 大山祇神社 | 大山祇命 | 無格社 | 10月6日 | 851-0242 | 長崎市北浦町1758番地ｲ |
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| 53 | 竃神社 | 澳津彦命・澳津媛命 | 無格社 | 9月29日 | 851-0243 | 長崎市宮摺町558番地 |
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| 54 | 髙島神社 | 倉稲魂神 | 無格社 | 10月8日 | 851-0252 | 長崎市田手原町415番地 |
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| 55 | 塩竃神社 | 塩土老翁神 | 無格社 | 10月11日 | 851-0245 | 長崎市千々町668番地 |
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| 56 | 矢上神社 | 素盞嗚尊外2柱 | 郷社 | 851-0133 | 長崎市矢上町14番1号 | |
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| 57 | 八幡神社 | 應神天皇 | 10月29日 | 851-0101 | 長崎市古賀町1614番地 | |
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| 58 | 大神宮神社 | 天照皇大神 | 村社 | 旧9月19日 | 851-2204 | 長崎市三重町1394番地 |
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| 59 | 道盛神社 | 平道盛公 | 10月10日 | 851-2202 | 長崎市樫山町1710番地 | |
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| 60 | 熱田神社 | 草薙劍 | 村社 | 旧9月18日 | 851-2212 | 長崎市畝刈町298番地 |
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| 61 | 戸石神社 | 素盞嗚尊外2柱 | 村社 | 10月17日 | 851-0113 | 長崎市戸石町里名1169番地 |
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| 62 | 五穀神社 | 保食大神 | 9月15日 | 851-0111 | 長崎市上戸石町1233番地1 | |
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| 63 | 天滿神社 | 菅原道眞公 | 9月25日 | 851-0113 | 長崎市戸石町2461番地 | |
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| 64 | 川内神社 | 天照大御神外1柱 | 9月12日 | 851-0112 | 長崎市川内町429番地 | |
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| 65 | 諏訪神社 | 建御名方命 | 村社 | 10月16・17日 | 850-0922 | 長崎市相生町10番1号 |
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| 66 | 天満神社 | 菅原道眞 | 旧9月25日 | 851-2325 | 長崎市永田町3237番地 | |
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